ככל הנראה החלו נזירים פורשים מחפשים מקום להתיישב בתוך מערות ובנקיקים במטאורה. בתחילת המאה ה- 9 לספירה לערך הוקמה למרגלות עמודי הסלע קפלה קטנה שהוקדשה לבתולה מלון דופיאני ואשר הייתה חלק מהקום פרישה, בשל פלישה העות'מאנית ליוון ובשל חוסר יציבות פוליטית שאפיינה את המאה ה- 14, הנזרים מחפשים מפלט מכיבוש העות'מאנית, החלו נבנים מנזרים על פסגותיהם הבלתי נגישות של עמודי הסלע. בשנת 1344, אתנסיוס קינוביטיס מהר אתוס הביא קבוצה של נזרים למטאורה. מ 1356 - 1372, הוא ייסד את מגאלו מטאורו על רחבה הסלע, שהיה מושלם עבור הנזירים; הם היו בטוחים ממהפך פוליטי והייתה שליטה מלאה בכניסה למנזר. הדרך היחידה להשיג אותו הייתה על ידי טיפוס על סולם ארוך, שנמשך עד כאשר הוא מרגיש מאוים נזירים.